到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。
《X档案》第四季作为这部科幻悬疑剧集的重要篇章，延续了系列一贯的神秘氛围与深刻主题。这一季在叙事结构和角色塑造上都展现出令人印象深刻的突破。大卫·杜楚尼和吉莲·安德森的表演依旧精湛，他们将穆德和史卡利这两个角色的内心挣扎与信念坚持演绎得层次分明，尤其是在面对超自然事件时所表现出的专业态度与情感矛盾，让观众能够深切感受到角色的真实与立体。
本季的叙事手法颇具匠心，既保持了单元剧的特色，又在整体上编织了一张更为复杂的阴谋网。第4集关于"失落的非洲部落"的故事通过黑色素的隐喻，巧妙地将种族议题融入科幻设定；而第5集"前世今生"则以邪教为背景，探讨了轮回与信仰的话题。这些看似独立的案件实际上都暗藏玄机，逐渐揭示出一个庞大而隐秘的外星生命网络。特别值得注意的是第13集中对两位主角生活的片段化呈现——穆德假期外出与史卡利独自处理纹身奇案的对比，既展现了角色的个人成长，也为后续剧情埋下伏笔。
从主题表达来看，第四季进一步深化了对"真相"的探索。制作团队通过各种离奇案件，不断追问政府阴谋、外星科技以及人性本质等宏大命题。剧中那些看似荒诞的超自然现象，实则都是现实问题的变形投射，这种虚实交错的叙事策略让作品具有超越时代的思考价值。整季看下来，观众不仅能享受到紧凑刺激的情节发展，更会在追查真相的过程中被迫反思自身的认知局限与社会的潜在危机。